L’Agenzia delle Entrate, con la risposta interpello 8.10.2019 n. 395, ha chiarito che, nel caso in cui vengano erroneamente trasmesse al SdI fatture già inviate ai clienti in formato cartaceo, in anni precedenti, il cedente o prestatore sarà tenuto ad emettere note di variazione in diminuzione ai sensi dell’art. 26 del DPR 633/72, non essendo prevista alcuna specifica procedura di scarto.
Il caso posto all’attenzione dell’Amministrazione finanziaria concerneva un soggetto passivo che, in conseguenza di un’anomalia del proprio software, trasmetteva erroneamente “diverse decine di fatture”, che erano già state emesse nel 2017 e nel 2018 e in ordine alle quali erano già stati effettuati gli adempimenti IVA previsti.
L’Agenzia delle Entrate ricorda che il SdI compie una serie di controlli sul file trasmesso, prima di procedere alla consegna della fattura al destinatario, controllando, in particolare, la “unicità” del file, per impedire l’inoltro di un documento che sia già stato trasmesso.
Nel caso di specie, le fatture si riferivano a due annualità nelle quali non sussistevano ancora obblighi di fatturazione elettronica; conseguentemente il SdI non poteva riscontrare una duplicazione, non avendo mai ricevuto la fattura “originaria”.
L’Amministrazione finanziaria ritiene che, al fine di sanare la duplicazione dell’invio, nella circostanza sia necessario emettere una nota di variazione in diminuzione ai sensi dell’art. 26 del DPR 633/72.

Fonte: Risposta interpello Agenzia Entrate 8.10.2019 n. 395 – Il Quotidiano del Commercialista del 9.10.2019 – “La nota di credito sana il doppio invio della fattura elettronica” – Bilancini

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